Εντός του Εργαστηρίου λειτουργούν οι ακόλουθες επί μέρους Eιδικές Μονάδες, που αντιπροσωπεύουν εξειδικευμένα επιστημονικά ερευνητικά και διαγνωστικά αντικείμενα του Εργαστηρίου:
• Αιμοποιητικού συστήματος
• Αναπνευστικού συστήματος
• Γαστρεντερικού συστήματος / Ήπατος
• Γεννητικού συστήματος
• Δέρματος
• Ενδοκρινών αδένων
• Καρδιαγγειακού συστήματος
• Kεφαλής-τραχήλου
• Μαστού
• Νευρικού συστήματος / Σκελετικών μυών
• Ουροποιητικού συστήματος / Νεφρικής βιοψίας
• Οστών και μαλακών μορίων
• Παιδιατρικής-Περιγεννητικής παθολογοανατομίας
• Ιατροδικαστικής Παθολογοανατομίας / Νεκροτομών
• Παθολογοανατομίας περιβάλλοντος
• Μοριακής παθολογοανατομίας / Μοριακής διερεύνησης δεικτών στοχευμένης θεραπείας
• Ηλεκτρονικής μικροσκοπίας (διέλευσης και σάρωσης)
• Ποσοτικής παθολογοανατομίας
• Συνεστιακής Laser μικροσκοπίας
• Βιοψίας οργάνων δια λεπτής βελόνης
• Κυτταρολογίας
• Μοριακής κυτταρογενετικής
• Κυτταροκαλλιεργειών
